MLF月間報告2017年11月
研究成果
BL02 中性子準弾性散乱による心筋症原因トロポニン変異体のダイナミクス解析(QST 藤原グループ)
心筋収縮は、筋肉の2種類の主要な蛋白質複合体、細いフィラメント(アクチン、トロポミオシン、トロポニンから成る)と太いフィラメント(主としてミオシンから成る)が互いに滑ることで生じる。収縮のCa2+による調節は、トロポニン(Tn;3つのサブユニットTnC、 TnI、 TnT から構成される)により行われている。TnCにCa2+が結合すると、その情報がTnI、 TnT、 トロポミオシンを通してアクチンへ伝達され、アクチン-ミオシン相互作用を誘起することで収縮が生じる。このTn分子内の様々な遺伝的変異が、収縮調節機能に異常をもたらし家族性肥大型心筋症を引き起こすことが知られている。種々の変異の内、TnTのK247R変異はCa2+結合シグナルの伝達経路の途中にあるため、収縮調節機能の点から特に重要な変異である。この変異は、TnのCa2+感受性を変化させずに収縮力を増大させるという機能異常を伴うが、変異によるTn分子の物性変化は未だ明らかではない。特に、Tnは複数の構造を取る柔軟な蛋白質であることがX線結晶構造解析によって示唆されているため、分子の”やわらかさ”という観点から心筋症発症機構解明にアプローチすることが必須である。
本研究では、蛋白質機能発現の素過程であるピコ秒ダイナミクスに着目し、K247R変異によるTnのダイナミクス変化を明らかにするために、正常型Tn及びK247R変異型Tnの溶液試料について、それぞれCa2+有無の両条件下で中性子準弾性散乱実験を行った。その結果、正常型Tnでは、Ca2+結合によって蛋白質内部の局所運動が速くなると共に、その振幅は減少することが分かった。一方、変異型TnではCa2+の有無に関わらず局所運動が速く、Ca2+結合により振幅が増大した。Ca2+結合状態における変異型Tnの運動振幅は正常型Tnよりも大きく、このことは、変異型Tnが、より広い構造空間を揺らぐことを示唆している。変異による機能異常が観測されるのはCa2+結合状態であるため、変異型Tnのこのような分子内揺らぎの増大が、機能異常ひいては疾患発症に関連していると考えられる。
参考文献
- Tatsuhito Matsuo, Taiki Tominaga, Fumiaki Kono, Kaoru Shibata and Satoru FujiwaraBBA - Proteins and Proteomics 1865:1781–1789 (2017)
装置整備
BL16 データリダクションソフトSOFIA converterのアップデート
J-PARC MLFのBL16に設置された中性子反射率計SOFIAでは解析ソフトウェアIgorをベースとしたデータリダクションソフトを提供している。このソフトはGUIを備え、初心者でも変換可能な作りとなっている。
今回、更なる信頼性と効率性の向上を目的として以下の機能強化を行った。
・サンプルのミスアライメントやサンプル自身が歪んでいる際の補正を行うよう、データの変換アルゴリズムを強化した。
・絶対値への規格化を行うアルゴリズムを変更することで稀に生じていたエラーを解消すると共に、グラフ上のカーソルによるデータ点の選択等を実装することによりIgor特有の操作性を可能な限り排除し、よりユーザーフレンドリーなインターフェースを実現した。
・ユーザーからの要望があった細かなインターフェース、操作性の改良を行った。
・マニュアルを更新し、これまでの細かなバージョンアップによる機能強化についても明文化した。
図1 SOFIA converterによるデータ変換の流
論文リスト
学術誌
- Hiroaki Mamiya, Yojiro Oba, Noriki Terada, Norimichi Watanabe, Kosuke Hiroi, Takenao Shinohara, Kenichi Oikawa
Magnetic Bragg dip and Bragg edge in neutron transmission spectra of typical spin superstructures
Sci. Rep. 7 15516 (2017)
[BL10 Proposal No.2016A0099]
- Hirotaka Sato, Yoshinori Shiota, Satoshi Morooka, Yoshikazu Todaka, Nozomu Adachi, Sunao Sadamatsu, Kenichi Oikawa, Masahide Harada, Shuoyuan Zhang, Yuhua Su, Takashi Kamiyama, Masato Ohnuma, Michihiro Furusaka, Takenao Shinohara, Yoshiaki Kiyanagi
Inverse pole figure mapping of bulk crystalline grains in a polycrystalline steel plate by pulsed neutron Bragg-dip transmission imaging
J. Appl. Cryst 50 1601-1610 (2017)
[BL10 Proposal No.2014P0601]
- S Harjo, N Tsuchida, J Abe, W Gong
Martensite phase stress and the strengthening mechanism in TRIP steel by neutron diffraction
Scientific Reports 7 15149 (2017)
[BL19 Proposal No.2012I0019]
- T.Kai, T. Kamiyama, F. Hiraga, M. Ooi, K. Hirota, Y. Kiyanag
Measurements of neutronic characteristics of rectangular and cylindrical coupled hydrogen moderators
Journal of Nuclear Science and Technology ()
[NeuS Proposal No.]
プロシーディングス
- Kazuhiko Ikeuchi, Tatsuya Kikuchi, Kenji Nakajima, Ryoichi Kajimoto, Shuichi Wakimoto, Masaki Fujita
Detailed study of the structure of the low-energy magnetic excitations in overdoped La1.75Sr0.25CuO4
Physica B ()
[BL14 Proposal No.2016B0601]
- Kenji Nakajima, Seiko Ohira-Kawamura, Tatsuya Kikuchi, Maiko Kofu, Yukinobu Kawakita, Yasuhiro Inamura, Wataru Kambara, Kazuhiko Aoyama, Daisuke Wakai, Masahide Harada, Motoki Ooi
Recent Issues of AMATERAS -a cold neutron disk-chopper spectrometer-
Journal of Physics: Conference Series (JPCS) ()
[BL14 Proposal No.2014I0014, 2015I0014, 2016I0014]
- N. L. Yamada, M. Sferrazza, S. Fujinami
In-situ measurement of phospholipid nanodisk adhesion on a solid substrate using neutron reflectometry and atomic force microscopy
Physica B ()
[BL16 Proposal No.2014S08]
その他刊行物
- Kenji Nakajima, Yukinobu Kawakita, Shinichi Itoh, Jun Abe, Kazuya Aizawa, Hiroyuki Aoki, Hitoshi Endo, Masaki Fujita, Kenichi Funakoshi, Wu Gong, Masahide Harada, Stefanus Harjo, Takanori Hattori, Masahiro Hino, Takashi Honda, Akinori Hoshikawa, Kazutaka Ikeda, Takashi Ino, Toru Ishigaki, Yoshihisa Ishikawa, Hiroki Iwase, Tetsuya Kai, Ryoichi Kajimoto, Takashi Kamiyama, Naokatsu Kaneko, Daichi Kawana, Seiko Ohira-Kawamura, Takuro Kawasaki, Atsushi Kimura, Ryoji Kiyanagi, Kenji Kojima, Katsuhiro Kusaka, Sanghyun Lee, Shinichi Machida, Takatsugu Masuda, Kenji Mishima, Koji Mitamura, Mitsutaka Nakamura, Shoji Nakamura, Akiko Nakao, Tatsuro Oda, Takashi Ohhara, Kazuki Ohishi, Hidetoshi Ohshita, Kenichi Oikawa, Toshiya Otomo, Asami Sano-Furukawa, Kaoru Shibata, Takenao Shinohara, Kazuhiko Soyama, Jun-ichi Suzuki, Kentaro Suzuya, Atsushi Takahara, Shin-ichi Takata, Masayasu Takeda, Yosuke Toh, Shuki Torii, Naoya Torikai, Norifumi L. Yamada, Taro Yamada, Dai Yamazaki, Tetsuya Yokoo, Masao Yonemuraand Hideki Yoshizawa
Materials and Life Science Experimental Facility (MLF) at the Japan Proton Accelerator Research Complex II: Neutron Scattering Instruments
Quantum Beam Science 1 9 (2017)
[BL01, BL02, BL03, BL04, BL05, BL06, BL08, BL09, BL10, BL11, BL12, BL14, BL15, BL16, BL17, BL18, BL19, BL20, BL21, BL22, BL23 Proposal No.2012P0201, 2014I0001, 2012B0075, 2013B0061, 2009S01, 2010S01, 2011S01, 2012S01, 2013S01, 2014S01, 2015S01, 2016S01, 2009S09, 2014S09, 2009S08, 2014S10, 2009S10, 2014S05, 2014S10, 2009S05, 2009S10, 2014P0100, 2014I0019, 2009S06, 2014S06]
受賞
平成29年度原子力研究開発機構理事長表彰【研究開発功績賞】
- 柴田薫、川北至信、中川洋、神原理、山田武、松浦直人、富永大輝
ダイナミクス解析装置DNAの建設とそれによる先導研究
[BL04 Proposal No.2017I0002, 2016I0002, 2015I0002, 2014I0002, 2013I0002, 2012I0002, 2011I0002]
学会発表
International Advisory meeting on the conceptual design of neutron scattering instruments at CSNS
日時:2017-11-16 - 2017-11-16
場所:中国/深セン
- High-Pressure Neutron Beamline PLANET in J-PARC
服部 高典
第39回日本バイオマテリアル学会大会
日時:2017-11-20 - 2017-11-21
場所:タワーホール船堀
- 生体適合性ポリマーにおける中間水ダイナミクスの評価
中田 克(株式会社東レリサーチセンター)
[Proposal No.2015A0079, 2017A0167]
エラストマー討論会
日時:2017-11-29 - 2017-11-30
場所:京都大学
- 中性子準弾性散乱法を用いたシリカ表面改質がゴムの動的構造に及ぼす影響解析
菊地 龍弥(J-PARC/住友ゴム工業(株))
[Proposal No.2017A0164, 2016B0106, 2016A0140, 2015A0264, 2014B0158]