独立行政法人日本原子力研究開発機構及び大学共同利用機関法人高エネルギー加速器研究機構は、J-PARCを両機関一体的に運営するための組織「J-PARCセンター」を平成18年2月17日に設置致しました。 3ディビジョン(加速器、安全、業務)でスタートしたJ-PARCセンターは現在、5ディビジョン、20セクションに拡張し運用を行っています。